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詳述ABI Prism 7000型定量PCR儀使用說明

更新時間:2017-01-05      瀏覽次數(shù):3402

熒光定量PCR 因操作方便、運(yùn)行速度快、實(shí)驗(yàn)結(jié)果準(zhǔn)確,受到越來越多的分子生物學(xué)研究者青睞。在實(shí)驗(yàn)過程中您又該如何準(zhǔn)確操作熒光定量PCR呢?今天小編就為您列舉一款熒光定量PCR儀的操作步驟:

ABI Prism 7000型定量PCR儀

1、新建文件菜單File → New,Assay選擇Absolute Quantification(實(shí)時定量模式),打開一個空白的96孔板文件。
2、探針設(shè)置雙擊任意一個孔,打開Well Inspector窗口。該窗口也可以從菜單View → Well Inspector打開。
3、使用軟件,或者探針(Detector)沒有設(shè)置好,請點(diǎn)擊Add Detector按鈕,打開Detector 
Manager窗口。該窗口也可以從菜單Tools → Detector Manager打開。如果Detector列表中沒有合適的探針,點(diǎn)擊按鈕File → 
New,新建探針:設(shè)定探針的名稱(建議使用所研究基因符號加標(biāo)記熒光,如GAPDH_FAM、ACTIN_VIC等)、報告基團(tuán)(FAM或者VIC)、淬滅基團(tuán)(TaqMan探針選TAMRA;MGB探針選None)、顏色(任意)等。設(shè)置完成后點(diǎn)擊OK,該探針即出現(xiàn)在探針列表中。重復(fù)此過程,設(shè)立其他的探針。
4、在Detector Manager窗口,從探針列表中點(diǎn)擊選擇所需探針,按住Ctrl鍵可以選擇多個探針,再點(diǎn)擊Add to Plate 
Document按鈕。較為后點(diǎn)擊Done關(guān)閉Detector Manager窗口。此時Well Inspector窗口仍然是打開的。
5、填樣品表在96孔表中選定有樣品的一個或多個孔,在Well Inspector頁面的Sample 
Name欄中填入樣品名稱;在探針列表的Use項(xiàng)下的方框中,打鉤選擇要用的一個或多個探針;在Task欄中選擇樣品類領(lǐng):陰性對照選NTC;未知樣品選Unknown;標(biāo)準(zhǔn)品選Standard。對于Standard,還要在Quantity欄中輸入DNA拷貝數(shù)。注意:只有在這里輸入拷貝數(shù)后,軟件才能自動生成標(biāo)準(zhǔn)曲線。建議標(biāo)準(zhǔn)品的濃度在5點(diǎn)以上。建議每個樣品(包括標(biāo)準(zhǔn)品)都按照統(tǒng)計學(xué)要求作一定數(shù)量的復(fù)管。
6、參比熒光如果使用的是ABI公司的定量PCR試劑,如TaqMan Universal PCR Master Mix或者SYBR Green PCR 
Master Mix等,參比熒光(Passive 
Reference)選ROX;如果使用的試劑中不含有參比熒光,請選None。完成后點(diǎn)擊右上角的X按鈕,關(guān)閉Well Inspector窗口。
7、循環(huán)參數(shù)切換到Instrument頁面,設(shè)定及修改PCR熱循環(huán)程序:在ABI公司默認(rèn)的程序中,50℃


min是UNG酶起作用的步驟,UNG酶可以預(yù)防PCR產(chǎn)物(其中以U代替T)對定量PCR的污染;95℃ 10 
min的作用是激活Taq酶,同時滅活UNG酶;40個循環(huán)的95℃ 15 sec和60℃ 1 
min是定量PCR的循環(huán)步驟。7000默認(rèn)在較為后一步,也就是60℃ 1 
min復(fù)性和延伸時收集熒光信號。如果使用ABI公司的定量PCR試劑,上述參數(shù)不需要調(diào)整,直接運(yùn)行PCR循環(huán)就可以了。在使用其他廠家試劑的情況下,如果其中沒有UNG酶,請刪除50℃ 
2 min步驟;如果使用的不是Taq酶而是其他普通的Taq酶,請刪除95℃ 10 min步驟。
8、循環(huán)參數(shù)的修改方法刪除:按住Shift鍵并在相應(yīng)的Stage或Step中點(diǎn)擊,使該步驟被選中變黑,再按Del鍵即可刪除。插入:在需要插入?yún)?shù)的位置點(diǎn)擊,出現(xiàn)粗黑豎線后,分別點(diǎn)擊Add 
Hold、Add Cycle或Add 
Step按鈕添加保溫、循環(huán)或循環(huán)中的一個步驟。修改溫度和時間:拖動鼠標(biāo),選中需要修改的溫度或時間數(shù)字,輸入新的數(shù)值即可。
9、其他設(shè)置反應(yīng)體積:定量PCR的標(biāo)準(zhǔn)反應(yīng)體積是50 µL;如果想修改的話,建議大于25 µL。融解曲線試驗(yàn):在Dissociation 
Protocol選項(xiàng)左邊的方框中打鉤,儀器即在定量PCR循環(huán)完成后繼續(xù)做融解曲線試驗(yàn)。如果是采用SYBR Green 
I染料方法進(jìn)行定量研究,建議進(jìn)行融解曲線試驗(yàn),以判定PCR反應(yīng)特異與否。單峰表示單一的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物,多峰表示PCR擴(kuò)增有雜帶。注意:只有SYBR 
Green I染料方法才需要進(jìn)行融解曲線試驗(yàn),TaqMan探針和MGB探針法都不需要。9600 
Emulation:選中此項(xiàng),即可使7000的升降溫速度減慢,與9600和7700一樣,從而可以直接使用在9600、7700型PCR儀上優(yōu)化好的循環(huán)條件,而不需任何修改。
10、啟動擴(kuò)增點(diǎn)Save按鈕保存文件設(shè)置。確認(rèn)96孔板或全部樣品管在主機(jī)內(nèi)放置妥當(dāng)后,點(diǎn)擊Start按鈕,開始PCR循環(huán)。屏幕上動態(tài)顯示PCR進(jìn)程和剩余時間。
11、監(jiān)控進(jìn)程切換到Results頁面的Amp 
Plot子頁面,可以實(shí)時顯示PCR曲線隨著循環(huán)增加而逐步增長的實(shí)際情況。如果Detector選FAM或VIC,只顯示對應(yīng)探針的變化情況;如果選All,則同時顯示所有探針的反應(yīng)進(jìn)程。
12、保存結(jié)果程序結(jié)束后,點(diǎn)Disconnect按鈕,然后File → 
Save保存實(shí)驗(yàn)結(jié)果??梢员4鏋?sds格式,也可以保存為.sdt格式,作為以后同類實(shí)驗(yàn)的模板,節(jié)省軟件設(shè)置時間。

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